Як вступив Мазепа в правління гетьманське, найпершою його справою було перевести надійні приготування до походу на Крим. І для того через увесь 1688-й рік декілька тисяч малоросійських лопатників під прикриттям великого числа козаків будували місто Самар у гирлі ріки Самари, назване опісля Богородичною кріпостю, де влаштовано великий магазин і наповнено його численним провіантом та всякими запасами. Татари, зайняті торішнім походом російським на Крим і сьогорічними до нього приготуваннями, не могли в тії роки відлучатися з Криму і допомагати туркам супроти цісаря, і тому цісар, користа-ючи з тої диверсії російської, мав великі успіхи проти турків. Він 6-го вересня року 1688-го взяв приступом у турків велике місто Білгород, колишню столицю сербську над Дунаєм, розбивши спершу під тим містом армію турецьку, через воєначальника свого, славного принца Євгенія; а коли сильний корпус задніпровських козаків під командою охочекомонного полковника Семена Палія замкнув Бессарабію і побивав у ній татар під Очаковом, Акерманом і Кілією і звідтіль вивів багато полонених татар з великою здобиччю, то плодом тих перемог було здобуття цісарем Салоніків та інших околичних міст і піддання в його протекцію князівства трансільванського з князем його Михайлом Ракоцієм.
На початку 1689-го року російська армія почала другий похід на Крим. Війська її зібралися напровесні до нової кріпості Самарської, і їх було: великоросійських 75 000, а малоросійських 50000. За головного начальника призначила царівна того ж таки князя Голицина, а під ним гетьмана Мазепу і бояр Долгорукова, Шере-метєва, Шеїна, Шепелєва. Похід той підготовлено за планами й порадами гетьмана Мазепи, як досконалого знавця військової справи, а особливо супроти військ азіатських, і тому відбувся він щасливо. Війська від Самари виступили в перших числах квітня і йшли двома шляхами, що ведуть в одну сторону, до Перекопської лінії. Більша частина військ трималася ріки Дніпра за її течією, а друга частина, під командою гетьмана Мазепи, йшла серединою степів кримських понад верхів’ям рік Кінської, Білозірки та інших. Татар, що нападали в різних місцях на всі війська і запалювали степ та псували воду всякою мертвечиною, відбивано й переслідувано з великою їх утратою, і армія досягла перекопської лінії 20 травня в повному порядку і без великої нужди. Кріпость Перекопську, звану по-та-тарськи Ор, обняли з усіх боків російськими шанцями і зробили приготування до генерального на неї наступу. Але хан кримський через посланців своїх запропонував мир, а за грабунок та поруйновані міста підніс Голицину викуп, або воєнну контрибуцію, що складалася з бурдюка червінців, між якими знайшлася половина фальшивих, і на тому кампанія скінчилась. Війська малоросійські явно і грізно ремствували на гетьмана свого, що похід, такий мно-готрудний і втратний, так слабо закінчено і без ніякої користі і що не допущено їх узяти місто приступом і зруйнувати його у відплату за численні їхні села, татарами сплюндровані. Князь Голицин, побоюючись од тих військ бунту, забрав од них гетьмана і, призначивши його послом до царів і царівни з реляцією своєю, вирядив туди потайки з багатьма полковниками та старшинами під своєю охороною. Коли гетьман прибув до Москви, прийняли його царі і царівна із шанобою та знаками великої милості, і прожив він там більше як два місяці в повній приємності й повазі, а тільки як від’їздив, вражений був нещасною пригодою добродієві своєму, князеві Голицину, якого за поворотом його з армії викрито враз із царівною Софією Олексіївною у змові їхній на правління і життя царя Петра Олексійовича, позбавлено його всіх титулів та маетностей і заслано на дожиттєве заслання у Сибір, а царівну замкнено в монастир, багатьох же бояр покарано на горло. І так бачили першу дію Провидіння Божого, що, може, помщалося за кров, безневинно пролиту, многих Самойловичів. Зостається її сповідатися над Мазепою; а то вірно вже, що кінець діло вінчає. Цар Петро Олексійович з того часу прийняв на себе самого правління держави Російської за згодою брата Івана Олексійовича, що зрікся через слабе своє здоров’я.
Повернувшись з Москви, гетьман Мазепа насамперед подбав про свою безпеку, і щоб невдоволення війська, виявлене під Перекопом, не поширилося всюди і не породило навіть помсти за погублених Самойловичів, що за ними багато хто у війську жалував і явно ремствував, а з доносителів їх знайшлися деякі потаємно умертвленими, заснував для того він особисту гвардію свою: три полки піхотні сер-дюцькі, батальйон жолдаків та полк кінних компанійців, названих "компанією надвірної корогви". І всі тії війська викликав з бажаючих, а особливо із задніпровців і всякої наволочі, і утримував їх на платні у місті Бату-рині та в околичних селах, що оточували його резиденцію. Вони були в Мазепи його янголами-хранителями і духами, що робили все на помах гетьманський, і горе людині, що впала в їхні руки! Вищі урядники жахалися, побачивши у себе в домі когось із тих гвардійців, по них присланого, а простолюдом бавилися вони, як м’ячем, через що й ненавидів їх народ, а війська національні ледве терпіти могли, і як їх повалено й зруйновано, то стали вони притчею в людях, так що котрих з них не побито під час зміни, ті живилися заробітками найнижчими і наймізернішими, як-от: у народних лазнях, ґуральнях та в поденниках.
Року 1690-го уперше налетіла в Малоросію шкідлива сарана і понищила всю рослинність і засіви хлібні аж до їх кореня. Вона взялася із за-кубанських та черкаських степів, од Персії, і під великі бурі, що були того року, себто під сильні вітри східні, перенеслася через кримські степи і впала у Східній та Південній Малоросії, а звідтіль поширилася на всю ту країну. Летіла вона страшними хмарами, які затьмарювали сонце так, що опівдні було, як у темряві нічній, і в тих місцевостях, де вона сідала, пожирала всі рослини, навіть листя на деревах та пагінці, і залишала землю чорною, голою й немовби сильною пожежею спустошеною. В інших місцевостях, де бракувало земної поживи, їла людську кольорову одежу, себто зелену, червону і що було зверху фарбоване: шапки, ретязі та жупани. Переліт її супроводився страшенним смородом, що сповнював повітря на далеку відстань, а особливо за вітром. Комаха тая є з найбільших, що літають у повітрі, а подобиться вона тим прузам, що їх описано в Святому Письмі і що зароджуються в Сирії, коло Єгипту, в Абіссінії, або Ефіопії. Тим-то багато хто з учених тутешніх, а паче з священства, запримітили на крилах її, а більше вигадували, літери ассірійські, які означають гнів Божий. Отож узялися були до набо-жеств та церковних заклинань, і виходили численні парафії з процесією церковною назустріч летючій саранчі; та коли побачили, що сарана сідала на корогви церковні і на ризи свяще-ничі і гризла фарбовану матерію їх, то, покинувши процесії і зустрічі, почали добирати способу найпростішого до її вигублення. В тілах тих комах не зауважено нічого смертоносного, і деякі тварини земнородні, як-от: собаки, свині та птаство — пожирали їх із жадобою. Уряди громадські винайшли, з часом і по досвіду, два надійні засоби винищувати тую сарану: один — виорювати восени її сім’я, яке кладе вона в рахманну землю; а другий — обкопувати ровами ту частину землі, де виводиться вона і повзає ще молодою, яку можна загнати у рови і там перепалити. Незважаючи на велику шкоду, спричинену сараною, і незвичайну злиденність на поживу людям та худобі, війська малоросійські й того року мали свої дії. Великий їх корпус під командою осавула генерального Ломиковського держав у блокаді своїй два літа Очаків і Буджак, міста татарські, і форштати їх та околичні села пограбував і випалив ущент. Притому визволено велике число обох статей полонених християн, що їх набрали були татари в різну пору з Валахії, Угорщини, Польщі та Росії, і забрано самих татар також пребагато, а худоби їхньої і коней вигнано від них без ліку; і вся здобич, набута по селищах татарських, становила великі суми, які розподілено частково на війська, а частково на гетьмана та скарб національний. Другий же корпус козацький під командою полковників, змінюючись що три місяці, стояв під кріпостю Самарською і посилав ватаги свої до ріки Кінської, щоб пильнувати кримських татар та втримувати їх од наскоків у границі і від допомоги орді Бессарабській, коли відвідував її Ломиковський.