Цар прийняв усі пункти, окрім того, де говорилось про настановлення митрополита в Києві з Москви. Цар хотів попереду змовитись об тім з царгородським патріархом. Але взагалі цар був дуже задоволений тими пунктами, бо гетьман оддавав йому в руки українські гроші, український скарб, і в Україні на городах мостив, рядом з козацькими полковниками, московських воєвод, котрі, перегодя, могли зовсім зайняти місце полковників і забрати в свої руки всіх козаків (як воно потім, через сто літ і сталось) Цар назвав Бруховецького боярином, а всіх полковників та осаулів — дворянами, себто подавав їм уже московські чини, як Польща ширила колись свої польські чини. Гетьман був дуже радий. Цар покликав його на обід до себе в дворець і посадив його за столом третім боярином. Од того часу Бруховецький підписувався на паперах: боярин і гетьман.
Після того обіду цар подарував гетьманові дорогу золоту одежу, обсипану дорогими камінчиками та перлами, та високу боярську шапку. Полковникам та писарям дали соболів та сукон.
Бруховецький випросив у царя собі і своїй жінці й дітям на вічні часи Шептаківську сотню під Стародубом, хоч був тоді ще нежонатий; бо Гадяч з волостю належав не до його, а тільки до того гетьмана, котрий буде гетьманом. Гетьман випросив у царя всім полковникам по салу. Цар згодився на все. Хитрий гетьман вгадував, що поступився цареві вже геть-то багато, вгадував, що Україна не згодиться на се все, і випросив собі маєтність в Чернігівщині, як можна ближче од Москви.
Щоб зовсім запобігти ласки в Москви, Бруховецький задумав женитись в Москві і просив царя вибрати йому дівку, яку-небудь боярську дочку. Цар звелів йому женитись з дочкою князя Дмитра Долгорукого. Гетьман оженився з нею, а декотрі полковники так само поженились в Москві з боярськими дочками.
Одначе не всій старшині прийшлось вернутись до дому.
Раз гетьман з старшиною обідав у князя Юрія Долгорукого. За обідом писар Захар Шийкевич почав лаяти поганими словами переяславського протопопа Григорія Бутовича, військового суддю Петра Забілу та двох полковників. Шийкевич замахнувся на протопопа ножем. Протопоп вихватив у його ножа, він кинувся на протопопа з виделками. Сам гетьман пожалівся на писаря цареві. Цар звелів зробити над писарем суд. На суді козацький осаул Богдан Щербак показав, що Шийкевич обходився з козаками гордо та пишно, бив і навіть скалічив декотрих козаків, а як хто з козаків прийде до писаря за ділом, то він лається, і ніхто з ним не сміє говорити, доки він сам не заговорить. Суд засудив писаря і цар звелів вислати його в Сибір.
Бруховецький засидівся в Москві до самого Різдва. А тим часом з України до його доходили недобрі вісти. На західній Україні, в Київщині піднімався славний Петро Дорошенко, черкаський полковник. Дорошенко бачив, що ні Москва, ні Польща не мають сили і не можуть вигнати одна другу з України, не хотять дати ніяких прав та вольности для козаків та для народа і тільки руйнують дурнісінько край. Він задумав вигнати з України і Поляків і Москалів і знов злучити до купи обидві половини України, розірвані Москвою і Поляками, ставши гетьманом усієї України. Не маючи в руках доволі війська, він задумав привернути Україну під власть турецького султана і з турецьким військом вигнати з України і Поляків, і Москалів. Ще за рік попереду він уже посилав в Крим до хана посланців і просив його оступитись за козаків перед польським королем, щоб король вивів своє військо з України і вернув з тюрми Юрія Хмельницького та Гуляницького. Хан тоді його не послухав. А тим часом козаки вибрали гетьманом Опару і він піддався під власть кримського хана. Але татари довідались, що опара і до хана горнеться, і до Москалів листи пише: вони вхопили Опару, закували в кайдани і послали до короля. Король звелів посадити його в тюрму в Марієнбурзі.
Після того татари напали на Опариних козаків і почали стріляти та однімати коні. Битва тяглася до ночі, а вранці татари виступили перед Опарину ватагу й закричали: козаки! Хочете взяти собі за гетьмана Петра Дорошенка? Як візьмете його, то ми не будемо вас зачіпати. Козаки зібрались на раду і згодились прийняти за гетьмана Дорошенка. Дорошенко був внук Михайла Дорошенка, котрий був гетьманом. Він родився в Чигирині. Ще за Богдана Хмельницького він був полковником прилуцьким, потім черкаським, а за Тетері він був генеральним осаулом. Вибравши Дорошенка гетьманом, опарина ватага козаків присягнула королеві в вірности і ханові — в приятельстві. Дорошенка вибрали 1665 року, і він зараз оповістив себе прихильником татар та турок і почав одбивати городи, забрані Бруховецьким. Він напав на Брацлав, де сидів полковник Дрозд, вірний Москві та Бруховецькому, а Дорошенкові козаки набігли під самий Київ, на Мотовилівку. Наказний гетьман, переяславський полковник Єрмоленко писав до царя і просив, як можна скоріше пустити гетьмана на Україну.
Зимою, з самого початку 1666 року Бруховецький вернувся на Україну. По Україні пройшла чутка про пункти гетьманської умови з царем. Та умова не подобалася ні духовенству, ні козакам, ні городянам, ні Запорожцям.
Перший підняв голос проти гетьмана його давний приятель архієрей Методій з київським духовенством. Методій 22-го лютого, 1666 року, з печерським архімандритом, з ігуменами монастирів прийшов до московського воєводи Петра Шереметьєва, що тоді сидів в Києві і просив, щоб він дозволив подати до царя просьбу, щоб цар не однімав од духовенства давніх прав та вольностей. Методій говорив, що київське духовенство просило Бруховецького дозволити вибрати митрополита в Києві по старому звичаю, вольними голосами од духовенства, городян і козаків, а гетьман одписав, що в Київ цар пришле митрополита з Москви. Методій говорив гаряче, розпалився, а далі сказав: Як тільки цар не дозволить нам вибрати митрополита вольними голосами з українських архієреїв та пришле з Москви готового, то ми запремося в манастирях і хиба нас виволочуть звідтіль за шию та за ноги, тоді тільки буде в Києві московський митрополит. От в Смоленському наставили з Москви архієрея Філарета, а він уже пооднімав вольності од духовенства і зве Смольнян неправославними, іновірцями. Шереметьєв заспокоїв духовенство, але воно вже стало проти гетьмана за те, що він, на свою користь, поступився цареві правами духовенства. І справді Бруховецький почав однімати од монастирів маєтності й землі. В марті київське духовенство послало в Москву ігумена Мелетія Дзіка просити в царя дозволу, вибрати собі митрополита вольними голосами. Цар сказав, що він послав лист в Цареград, спитати про се діло патріарха. Раз на обіді в Лаврі Методій і всі духовні, при московському бояринові прямо сказали, що вони не приймуть митрополита з Москви, що Бруховецький їх лютий ворог і їм непотрібний, бо він забрав тепер всю власть в свої руки. Давні приятелі, Методій та гетьман тепер стали ворогами і писали обидва листи до царя та обговорювали один другого.