Разом з духовенством незлюбили Бруховецького городяни-міщани. Бруховецький хотів одняти од міщан їх вольності і наговорював на їх перед царем, що через ті вольності міщани тягнуть до Польщі. Міщани повинні були давати кватирі для московського війська, а гетьман приказував міщанам давати кватирі й козакам. Міщани тепер мусили платити податки в царський скарб. В городи наїхали московські ціловальники і збирали з міщан податки для царя, а козаки брали з їх збори і в гетьманський скарб, видирали силою. Московський воєвода Шереметьєв, довідавшись, що козаки збирають гроші з міщан в гетьманський скарб, написав до його і велів йому не зачіпати міщан. В Переяславі Грек Іван Тамара збирав на перевозі плату з проїзжих людей для гетьманів. Тепер московський воєвода Шереметьєв звелів Тамарі збирати плату для царя. Тамара зібрав пятьсот карбованців і хотів одвезти гроші в Київ і подати через Шереметьєва в Москву, а Бруховецький звелів йому привезти гроші до себе в Гадяч та ще й не п'ятсот, а тисячу карбованців і наказував, як тільки Тамара не привезе йому грошей, то він йому голову зітне. Козаки однімали од міщан млини, брали з їх підводи, а Москалі і собі забирали од їх підводи. Міщанам стало дуже важко. Городи стали проти гетьмана.
Як тільки Бруховецький вернувся з Москви боярином, на його почали гримати й козаки. Бруховецький, вернувшись на Україну московським боярином, став гордий до козаків, недоступний. Тепер козаки вже не вибирали полковників вольними голосами, як було попереду. Бруховецький сам сажав полковників, неначе цар, сажав людей до себе прихильних, а неприхильних скидав самоправно з місця, забивав в кайдани та кидав в тюрму. Ще в Москві він спровадив писаря Шийкевича в Сибір. Тепер він покарав суддю Юрія Незамая за те, що він видав пашпорт на виїзд з Канева п'яти жінкам неприхильних до гетьмана козаків. Гетьман побив Незамая, забив в кайдани і одіслав в Москву, звідкіль цар вислав його в город Казань.
Потім посадив в тюрму нелюбого для себе полковника Гамалію, Децика. Козаки кричали, що до сього часу між козаками не було бояр та дворян, а тепер, як настали бояри та дворяни, козаки теряють свої давні вольності. Ті полковники, що добули собі в Москві дворянство, соромились і боялись зватися дворянами. Переяславський полковник-дворянин, Єрмоленко сказав на обіді при всіх, навіть при московських людях: "мені дворянства не потрібно! Я по стародавньому козак". Козаки в Переяславі кричали: "Ходім на Запорожжя! зберемося всі та й ударимо з Січі на гетьмана".
Бруховецький побачив, що вийшло погано і писав до царя, щоб він прислав ще більше московського війська на Україну: він думав через те військо вдержатись на гетьманстві. А тут почали прибувати на Україну московські воєводи з московським військом. Окрім Києва, воєводи сіли в Прилуках, Лубнах, Гадячі, Миргороді, Полтаві, Батурині, Глухові, Сосниці, Новгороді-Сіверському, Стародубі. Московське військо лилося на Україну, як колись польське. Разом з воєводами наїхали з Москви урядники і почали переписувати всіх людей в городах і в селах: записували землі, млини, ліси, заводи, пасіки і все обкладали податками для царя. Московські воєводи грубо обходились з козаками і з міщанами, обдирали їх, лаялись паскудними словами, безчестили молодиць та дівчат, били козаків палицями. Сам Бруховецький жалівся в Москву, що переяславський воєвода Вердеревський бив його зятя, Михієнка, посадив без вини, в тюрму, гетьманським людям не дав косити сіна. В Полтаві московський воєвода Хитрово ставив Москалів в козацьких хатах, лаяв козацького полковника і його жінку паскудними словами, козаків бив палицею, вибивав їм очі, плював в лице, випихав в шию, безчестив дівчат. Козаки кидали козакування і приписувались в міщан.
На Україні схопилось проти воєвод повстання. Поперед усього в Переяславі. Якийсь чоловік в Переяславі, Петрушка Челюсткин, родом москвич, але давно живучий в Переяславі змовився з козаками вирізати всіх московських людей. Бруховецький дізнався про се і звелів закувати Петрушку в кайдани і одіслати в Москву. Швидко після того, літом, як полковник Єрмоленко стояв з своїм полком в слободі Богушкові, його полк збунтувався: козаки вбили Єрмоленка, пішли в Переяслав, вирізали московське військо і запалили половину города. Бруховецький сидів тоді в Гадячі. Він дав знати в Київ воєводі Шереметєву і обидва вони разом, з Києва та з Гадяча, рушили на Переяслав і задавили бунт. Ватажків повстання вхопили і постинали голови одним в Києві в Шереметьєва, другим в Гадячі, в гетьмана. Разом з тим за Дніпром декотрі городи Бруховецького передались до Польщі.
Тим часом проти Бруховецького та Москви піднімалося і Запорожжя. В Січі ще й досі сидів московський воєвода Касогов, той самий, що разом з Сірком воював з Поляками. В його було п'ятсот чоловік московського війська. Запорожці почули, що виробляють в українських городах воєводи з гетьманом і почали кричати, що вони готові пристати до Дорошенка і татар. Вони зараз скинули з місця отамана Леська Шкуру за те, що він знався з московськими воєводами, Касоговим та Шереметьєвим і вибрали отаманом Рога, московського ворога. Московський цар тим часом послав уже московське військо в Кодак, невеличку твердиню на Дніпрі, з котрої можна було напасти на Січ і держати запорожців в московських руках. Ріг написав до Бруховецького лист, в котрому він говорив, що запорожцям в Кодаку Москва непотрібна і що Бруховецькому не приходиться дражнити запорожців, бо хоч він має царську ласку, але став гетьманом через запорожську ласку й поміч. Кошовий отаман заборонив козакам навіть ходити до Касогова і знатися з ним. Касогов мусів утікати з Січі, а Ріг послав запорожців в Кодак не пускати туди московського війська. Окрім того січовики послали двісті козаків на Україну, в Полтаву, щоб впіймати самого Бруховецького і підняти проти його Полтавців.
Саме в той час прийшла вістка на Україну, що цар Олексій помирився з королем. Як ми вже говорили попереду, Поляки вигнали московське військо з Білої Руси. Цар мусів миритись з ним і оддав Польщі половину України по сам Дніпро, все Поділє, Київщину і Білу Русь. Один тільки Київ з повітом, до Трипілля та Стайок зостались при гетьмані Бруховецькому та під Москвою.